Sinopsis
Setelah kematian Caesar, banyak generasi kera telah membentuk banyak klan, sementara sebagian besar manusia telah menjadi liar. Noa, seekor simpanse muda dari klan yang mempraktikkan elang, mempersiapkan upacara kedewasaan dengan mengumpulkan telur elang bersama teman-temannya Anaya dan Soona. Namun, seorang pemulung manusia mengikuti Noa pulang dan secara tidak sengaja memecahkan telurnya saat berkelahi sebelum melarikan diri. Saat mencari telur pengganti, Noa bertemu dengan sekelompok perampok kera yang menggunakan senjata listrik. Saat Noa bersembunyi dari mereka, para kera mengikuti kudanya kembali ke klannya. Noa bergegas pulang dan mendapati desanya terbakar; pemimpin perampok Sylva membunuh ayah Noa, Koro, setelah menjatuhkan Noa dari panggung tinggi.
Ditinggalkan dalam keadaan hampir mati, Noa terbangun, menemukan bahwa klannya telah diculik. Dia mengubur Koro dan berangkat untuk menyelamatkan klannya. Dalam perjalanannya, dia ditemani oleh Raka, seekor orangutan yang memberi tahu Noa tentang ajaran Caesar. Para kera menyadari bahwa mereka diikuti oleh manusia pemulung; Raka menawarkan makanan dan selimut, dan menamainya Nova. Ketika ketiganya bertemu dengan sekelompok manusia liar, para perampok Sylva tiba-tiba menyerang. Noa dan Raka menyelamatkan Nova yang, yang mengejutkan mereka, dapat berbicara. Nova mengungkapkan bahwa namanya adalah Mae dan para perampok membawa klan Noa ke pemukiman tepi pantai di luar brankas manusia tua. Saat mereka menyeberangi jembatan dalam perjalanan menuju pemukiman, mereka disergap oleh Sylva. Dalam pertarungan berikutnya, Raka menyelamatkan Mae dari tenggelam tetapi tersapu oleh jeram. Noa dan Mae ditangkap dan dibawa ke pemukiman kera.
Noa bersatu kembali dengan klannya dan diperkenalkan kepada raja kera yang memproklamirkan diri, Proximus Caesar. Proximus telah memperbudak klan lain, memaksa mereka untuk bekerja membuka brankas sehingga ia dapat mengakses teknologi manusia yang terkunci di dalamnya. Proximus mengundang Noa untuk makan malam bersama Mae dan Trevathan, seorang tahanan manusia yang sedang mengajari Proximus tentang dunia manusia lama. Proximus yakin bahwa kecerdasan Noa dapat membantu membuka brankas dan memperingatkannya bahwa Mae hanya punya rencana sendiri. Noa menghadapi Mae, menuntut kebenaran sebagai imbalan atas bantuannya. Mae mengungkapkan pengetahuan tentang pintu masuk tersembunyi ke brankas dan mengatakan bahwa ada "buku" misterius yang mampu memulihkan kemampuan bicara manusia di dalamnya. Noa setuju untuk membantunya memasuki brankas, dengan harapan dapat menghancurkan permukiman Proximus dan memimpin klannya kembali ke rumah. Noa, Mae, Soona, dan Anaya diam-diam menanam bahan peledak di sekitar tanggul yang mengelilingi permukiman. Trevathan menangkap mereka dan bermaksud memperingatkan Proximus, tetapi Mae mencekiknya hingga mati.
Kelompok itu memasuki brankas, menemukan tumpukan senjata dan "buku" Mae, yang sebenarnya adalah kunci penguraian satelit. Para kera menemukan buku bergambar anak-anak yang menggambarkan manusia sebagai spesies yang pernah dominan dan kera di dalam kandang di kebun binatang. Saat kelompok itu keluar dari bunker, mereka dihadang oleh Proximus dan sukunya. Lightning, salah satu letnan Proximus, mengancam akan membunuh Soona, tetapi Mae membunuhnya dengan pistol yang ditemukannya sebelum memicu bahan peledak, membanjiri bunker dengan kera di dalamnya. Mae melarikan diri dari pemukiman sementara para kera naik ke tempat yang lebih tinggi melalui bunker. Noa dikejar oleh Sylva, tetapi berhasil menjebak dan menenggelamkannya. Noa melarikan diri dari bunker bersama klannya, tetapi Proximus menyerangnya. Noa memimpin klannya memanggil elang mereka untuk menyerang Proximus dan menjatuhkannya dari tebing ke laut.
Saat klan Noa kembali untuk membangun kembali rumah mereka, Mae datang untuk mengucapkan selamat tinggal kepada Noa dengan tegang. Dia menjelaskan bahwa dia menghancurkan bunker dan mencegah kera mengakses senjatanya karena senjata itu dibuat oleh manusia dan karenanya hanya boleh digunakan oleh manusia. Noa kemudian berpendapat bahwa jika senjata dan teknologi hanya untuk manusia, itu menunjukkan bahwa tidak ada yang menjadi milik kera, mempertanyakan apakah kera dan manusia dapat hidup berdampingan secara damai mengingat perbedaan mendasar Mae. Saat Noa mengajak Soona untuk melihat melalui teleskop yang ditemukannya dalam perjalanannya, Mae melakukan perjalanan ke pemukiman manusia di pangkalan satelit, yang dikarantina dari dunia luar. Mae memberikan kunci pengurai, yang memungkinkan manusia untuk mengaktifkan kembali satelit dan berhasil menghubungi manusia lain di seluruh dunia.
